COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-28 17:00:00 16.711185 16.711185 16.950038
2021-02-27 17:00:00 17.164843 17.164843 16.742650
2021-02-26 17:00:00 18.988995 18.988995 16.625065
2021-02-25 17:00:00 19.084453 19.084453 16.401429
2021-02-24 17:00:00 15.522896 15.522896 16.110249
2021-02-23 17:00:00 14.933375 14.933375 15.790780
2021-02-22 17:00:00 16.860720 16.860720 15.467374

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-28 17:00:00 7.593583 7.593583 10.620188
2021-02-27 17:00:00 12.965668 12.965668 10.559246
2021-02-26 17:00:00 19.241983 19.241983 10.772559
2021-02-25 17:00:00 12.611047 12.611047 10.781007
2021-02-24 17:00:00 11.334746 11.334746 10.762163
2021-02-23 17:00:00 10.956108 10.956108 10.829079
2021-02-22 17:00:00 4.696280 4.696280 10.915890

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-28 17:00:00 11.373874 11.373874 12.732246
2021-02-27 17:00:00 13.714286 13.714286 12.604787
2021-02-26 17:00:00 13.509317 13.509317 12.875716
2021-02-25 17:00:00 16.358839 16.358839 12.901217
2021-02-24 17:00:00 18.281938 11.674009 12.840509
2021-02-23 17:00:00 15.961945 15.961945 12.885655
2021-02-22 17:00:00 18.222222 5.401845 12.976303

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-28 17:00:00 9.667674 9.667674 8.037616
2021-02-27 17:00:00 8.151700 8.151700 8.141512
2021-02-26 17:00:00 8.992537 8.992537 8.152421
2021-02-25 17:00:00 8.279983 8.279983 8.151299
2021-02-24 17:00:00 11.834823 7.386122 8.120176
2021-02-23 17:00:00 5.814536 5.814536 8.036304
2021-02-22 17:00:00 12.102564 5.923695 8.058135

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-28 17:00:00 14.674536 14.674536 14.662716
2021-02-27 17:00:00 15.083418 15.083418 14.367828
2021-02-26 17:00:00 18.623392 18.623392 14.202207
2021-02-25 17:00:00 15.792610 15.792610 13.944897
2021-02-24 17:00:00 16.280456 16.280456 13.715237
2021-02-23 17:00:00 35.623915 10.699650 13.515009
2021-02-22 17:00:00 17.385016 9.096413 13.335572

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-28 17:00:00 35.251216 35.251216 33.234663
2021-02-27 17:00:00 33.272251 33.272251 32.833257
2021-02-26 17:00:00 36.965260 36.965260 32.921441
2021-02-25 17:00:00 28.843500 28.843500 32.635133
2021-02-24 17:00:00 22.643605 22.643605 31.927304
2021-02-23 17:00:00 34.187298 34.187298 31.038171
2021-02-22 17:00:00 51.291308 51.291308 30.466873

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-28 17:00:00 18.522542 18.522542 14.328721
2021-02-27 17:00:00 18.787635 18.787635 13.927621
2021-02-26 17:00:00 16.678546 16.678546 13.719581
2021-02-25 17:00:00 19.688671 9.397521 13.371981
2021-02-24 17:00:00 15.978399 15.978399 13.097446
2021-02-23 17:00:00 10.841206 10.841206 12.807445
2021-02-22 17:00:00 17.726161 5.893111 12.592896

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-28 17:00:00 6.818182 6.818182 6.610283
2021-02-27 17:00:00 7.032106 7.032106 6.476317
2021-02-26 17:00:00 8.462554 8.462554 6.392555
2021-02-25 17:00:00 16.893073 7.059353 6.309171
2021-02-24 17:00:00 5.912213 5.912213 6.212450
2021-02-23 17:00:00 4.410160 4.410160 6.078460
2021-02-22 17:00:00 10.667000 4.895105 5.939485

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-28 17:00:00 12.326044 12.326044 12.752266
2021-02-27 17:00:00 13.033791 13.033791 12.800538
2021-02-26 17:00:00 13.764706 13.764706 12.643528
2021-02-25 17:00:00 14.814815 14.814815 12.512728
2021-02-24 17:00:00 10.074231 10.074231 12.330558
2021-02-23 17:00:00 12.110617 12.110617 12.087349
2021-02-22 17:00:00 10.104012 11.218130 11.795798

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-28 17:00:00 26.627933 26.627933 27.597799
2021-02-27 17:00:00 31.014579 31.014579 27.065554
2021-02-26 17:00:00 30.256955 30.256955 26.611336
2021-02-25 17:00:00 27.240627 27.240627 26.134967
2021-02-24 17:00:00 26.376604 26.376604 25.599738
2021-02-23 17:00:00 26.165858 26.165858 25.125410
2021-02-22 17:00:00 22.343773 22.343773 24.623217

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-28 17:00:00 22.826087 22.826087 15.354749
2021-02-27 17:00:00 13.491124 13.491124 15.177422
2021-02-26 17:00:00 19.741007 19.741007 15.064736
2021-02-25 17:00:00 13.013333 13.013333 14.695550
2021-02-24 17:00:00 17.721519 17.721519 14.492852
2021-02-23 17:00:00 11.756374 11.756374 14.169229
2021-02-22 17:00:00 22.328244 15.505101 13.616195

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-28 17:00:00 13.846154 13.846154 9.779813
2021-02-27 17:00:00 8.213820 8.213820 9.571156
2021-02-26 17:00:00 12.805474 12.805474 9.615136
2021-02-25 17:00:00 8.632138 8.632138 9.732929
2021-02-24 17:00:00 9.090909 9.090909 9.724319
2021-02-23 17:00:00 8.049536 2.765957 9.380728
2021-02-22 17:00:00 12.241888 12.241888 9.145071

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-28 17:00:00 52.314815 81.597222 77.715096
2021-02-27 17:00:00 75.714286 75.714286 77.134871
2021-02-26 17:00:00 69.721116 69.721116 77.752689
2021-02-25 17:00:00 80.135440 80.135440 77.264713
2021-02-24 17:00:00 80.498866 80.498866 76.648296
2021-02-23 17:00:00 114.024390 114.024390 77.119751
2021-02-22 17:00:00 62.033898 62.033898 76.234301

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-28 17:00:00 74.772727 74.772727 90.177514
2021-02-27 17:00:00 59.098787 87.212276 89.711571
2021-02-26 17:00:00 89.769821 89.769821 89.305308
2021-02-25 17:00:00 114.366197 114.366197 89.538800
2021-02-24 17:00:00 88.366337 88.366337 88.622263
2021-02-23 17:00:00 75.570033 75.570033 87.632489
2021-02-22 17:00:00 28.037383 140.887850 88.390523

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-28 17:00:00 18.969506 18.969506 17.183596
2021-02-27 17:00:00 17.064062 17.064062 16.932988
2021-02-26 17:00:00 16.592367 16.592367 16.854362
2021-02-25 17:00:00 19.306865 19.306865 16.687488
2021-02-24 17:00:00 18.205739 18.205739 16.399837
2021-02-23 17:00:00 13.337679 13.337679 16.131649
2021-02-22 17:00:00 19.126010 19.126010 15.653727

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-28 17:00:00 53.262519 53.262519 27.555893
2021-02-27 17:00:00 23.528179 23.528179 27.208087
2021-02-26 17:00:00 23.101067 23.101067 26.827623
2021-02-25 17:00:00 28.430648 28.430648 26.346217
2021-02-24 17:00:00 22.589469 22.589469 25.967925
2021-02-23 17:00:00 14.436064 20.275930 25.185141
2021-02-22 17:00:00 13.557312 34.723320 24.700824

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-28 17:00:00 3.725206 3.725206 3.863975
2021-02-27 17:00:00 3.878734 3.878734 3.879399
2021-02-26 17:00:00 3.899721 3.899721 3.811741
2021-02-25 17:00:00 4.132231 4.132231 3.919559
2021-02-24 17:00:00 3.225806 3.225806 3.992358
2021-02-23 17:00:00 2.279340 3.540252 3.973692
2021-02-22 17:00:00 8.555556 4.025091 3.999633

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-28 17:00:00 9.320988 9.320988 9.856004
2021-02-27 17:00:00 10.349650 10.349650 9.855899
2021-02-26 17:00:00 11.571572 11.571572 9.731893
2021-02-25 17:00:00 11.343449 8.771281 9.619447
2021-02-24 17:00:00 10.662994 10.662994 9.509303
2021-02-23 17:00:00 9.040000 9.040000 9.514040
2021-02-22 17:00:00 9.325487 9.325487 9.320106

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-28 17:00:00 9.579334 9.579334 9.006298
2021-02-27 17:00:00 9.071866 9.071866 8.930486
2021-02-26 17:00:00 10.627119 10.627119 8.859721
2021-02-25 17:00:00 10.918627 7.596949 8.793659
2021-02-24 17:00:00 8.574287 8.574287 8.703422
2021-02-23 17:00:00 9.122108 9.122108 8.569144
2021-02-22 17:00:00 14.317146 8.196869 8.515520

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-28 17:00:00 65.432099 21.231848 26.188026
2021-02-27 17:00:00 25.274725 25.274725 26.905678
2021-02-26 17:00:00 31.765835 31.765835 27.149981
2021-02-25 17:00:00 27.958115 27.958115 27.550702
2021-02-24 17:00:00 27.443609 27.443609 28.130075
2021-02-23 17:00:00 23.165340 23.165340 28.069737
2021-02-22 17:00:00 70.802920 26.440177 28.268427

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-28 17:00:00 18.032787 9.465021 7.674621
2021-02-27 17:00:00 6.666667 6.666667 7.364684
2021-02-26 17:00:00 11.206897 11.206897 7.262551
2021-02-25 17:00:00 2.061856 2.061856 7.316798
2021-02-24 17:00:00 11.965812 11.965812 7.523667
2021-02-23 17:00:00 2.898551 2.898551 7.349974
2021-02-22 17:00:00 43.750000 11.864407 7.408113

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-28 17:00:00 30.417362 30.417362 30.115429
2021-02-27 17:00:00 32.830864 32.830864 30.275080
2021-02-26 17:00:00 35.244671 35.244671 29.795670
2021-02-25 17:00:00 30.325581 30.325581 29.621274
2021-02-24 17:00:00 27.022947 27.022947 28.954982
2021-02-23 17:00:00 35.878378 35.878378 28.513253
2021-02-22 17:00:00 30.829800 16.140796 28.089979

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 7.593583 7.593583 10.620188
Basilicata 11.373874 11.373874 12.732246
Calabria 9.667674 9.667674 8.037616
Campania 14.674536 14.674536 14.662716
Emilia-Romagna 35.251216 35.251216 33.234663
Friuli Venezia Giulia 18.522542 18.522542 14.328721
Lazio 6.818182 6.818182 6.610283
Liguria 12.326044 12.326044 12.752266
Lombardia 26.627933 26.627933 27.597799
Marche 22.826087 22.826087 15.354749
Molise 13.846154 13.846154 9.779813
P.A. Bolzano 52.314815 81.597222 77.715096
P.A. Trento 74.772727 74.772727 90.177514
Piemonte 18.969506 18.969506 17.183596
Puglia 53.262519 53.262519 27.555893
Sardegna 3.725206 3.725206 3.863975
Sicilia 9.320988 9.320988 9.856004
Toscana 9.579334 9.579334 9.006298
Umbria 65.432099 21.231848 26.188026
Valle d'Aosta 18.032787 9.465021 7.674621
Veneto 30.417362 30.417362 30.115429

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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